Д242 характеристики: Д242, Выпрямительный диод, СЗТП | купить в розницу и оптом

Галереи Artsper доставляют произведения искусства по всему миру с использованием специализированных носителей. Произведение можно забрать из галереи в Париже, Франция, или доставить по указанному вами адресу менее чем через неделю после подтверждения вашего заказа. Работа застрахована на время транспортировки, поэтому она безопасна.
Происхождение: Франция
Узнать больше о доставке

У вас есть 14 дней, чтобы найти идеальное место для ваших работ.Если вы передумаете, вы можете бесплатно отправить его обратно, и мы вам возместим.
Узнать больше о бесплатном возврате

Вы можете заплатить кредитной или дебетовой картой, PayPal или банковским переводом только в евро. Мы очень серьезно относимся к мошенничеству и уважаем вашу конфиденциальную информацию, поэтому все платежи проходят проверку 3D Secure.
Узнать больше об оплате

Залог качества Artsper: мы работаем только с профессиональными галереями и гарантируем подлинность и происхождение наших произведений искусства.
Узнайте больше о гарантии Artsper

Carbohydrate Structure Suite (CSS): анализ трехмерных структур углеводов, полученных из PDB | Исследование нуклеиновых кислот

Абстрактные

Знание трехмерной структуры гликопротеинов и белково-углеводных комплексов необходимо для полного понимания биологических процессов, в которых они участвуют. Carbohydrate Structure Suite – это попытка автоматически проанализировать углеводные структуры, содержащиеся в PDB, и сделать результаты общедоступными в Интернете. Анализируются характерные торсионные углы, гликопротеиновые последовательности и углеводно-белковые взаимодействия. Кроме того, включены инструменты для сшивки баз данных PDB и углеводов и для проверки целостности трехмерных структур углеводов. Услуга доступна по адресу (www.dkfz.de/spec/css/).

Поступило 13.08.2004 г .; Изменено и принято 16 сентября 2004 г.

ВВЕДЕНИЕ

Углеводно-белковые взаимодействия участвуют во множестве событий распознавания клетка-клетка и клетка-матрица, начиная от оплодотворения, дифференцировки и развития клеток и заканчивая патологическими ситуациями, такими как воспаление, вирусные и бактериальные инфекции, иммунный ответ и метастазирование (1 – 3).Эти события требуют специфического распознавания различных структур углеводов углеводсвязывающими белками, лектинами (4).

Большинство углеводов, участвующих в этих процессах распознавания, являются частью гликопротеинов. Гликозилирование белков, вероятно, является наиболее распространенной и сложной ко- и посттрансляционной модификацией. Во многих случаях гликановые цепи являются обязательными для правильного процесса сворачивания (5). Они также изменяют свойства белков, например за счет увеличения растворимости, защиты их от протеолиза или снижения гибкости основной цепи (2).Вариации концевых остатков гликанов, прикрепленных к белку, позволяют точно настраивать свойства белка, специфичные для клеток и тканей, без изменения аминокислотной последовательности (5).

Чтобы понять эти процессы в деталях, часто необходимо знать трехмерные структуры гликопротеинов или белково-углеводных комплексов, соответственно. Самый крупный общедоступный источник таких 3D-структур – PDB (6). К сожалению, не существует стандартной номенклатуры углеводных остатков (2, 7), что затрудняет анализ этих данных.Более того, многие структурные характеристики, представляющие интерес, являются вторичными данными, заданными в структурах только неявно, например рычажные торсионные углы. Невозможно эффективно извлечь эту информацию на основе номенклатуры, которая присутствует только в записях PDB.

Carbohydrate Structure Suite (CSS) – это попытка автоматически обнаруживать и назначать углеводные структуры в PDB независимым от номенклатуры способом, анализировать их и публиковать результаты в Интернете.

pdb2linucs (7) обнаруживает углеводные структуры, используя алгоритм, основанный только на типах элементов и координатах атомов. Алгоритм не зависит от обозначения остатков и, таким образом, устраняет пробел, связанный с отсутствующей стандартной номенклатурой углеводов в записях PDB. Программу можно запросить по PDB ID или загрузив структуру с локального компьютера. Результаты отображаются с использованием номенклатуры LINUCS , линейной уникальной записи для углеводных структур (8).Эта нотация также используется для запроса GlycosciencesDB , бывшего SweetDB (9). В случае, если в этой базе данных есть соответствующая запись, предлагается прямая ссылка (рисунок 1). Таким образом, pdb2linucs устанавливает перекрестное связывание между базой данных белков и базой данных углеводов.

Рисунок 1. Выход

pdb2linucs . Трехмерная структура записи PDB 1a14 отображается с использованием Jmol или Chime , и обнаруженные углеводные остатки выделяются ( a ).Ниже углеводные цепи перечислены в номенклатуре LINUCS. Установлены ссылки на соответствующие записи в GlycosciencesDB ( c ). Кроме того, также предоставляются ссылки на обозначение структур IUPAC ( d ) и графическое представление ( b ). В случае присутствия ковалентно связанных гликанов также приводится аминокислотная последовательность. Гликозилированные остатки выделены ( и ).

Рисунок 1. Выход

pdb2linucs . Трехмерная структура записи PDB 1a14 отображается с использованием Jmol или Chime , и обнаруженные углеводные остатки выделяются ( a ). Ниже углеводные цепи перечислены в номенклатуре LINUCS. Установлены ссылки на соответствующие записи в GlycosciencesDB ( c ). Кроме того, также предоставляются ссылки на обозначение структур IUPAC ( d ) и графическое представление ( b ). В случае присутствия ковалентно связанных гликанов также приводится аминокислотная последовательность.Гликозилированные остатки выделены ( и ).

Используя расширенную версию pdb2linucs , из PDB были сгенерированы три набора данных, относящихся к углеводам и гликопротеинам. Эти наборы данных, получившие название GlyTorsionDB , GlySeqDB и GlyVicinityDB , хранятся в текстовых файлах на основе расширяемого языка разметки (XML) и запрашиваются специализированным программным обеспечением, доступ к которому можно получить через веб-интерфейсы.

3D в основном характеризуются торсионными углами их скелета (10).Используя аналогичный подход, углеводные структуры можно описать торсионными углами гликозидных связей, соединяющих моносахаридные остатки. GlyTorsionDB – это база данных, содержащая значения торсионных углов всех углеводных связей, присутствующих в PDB. Кроме того, он включает в себя кольцевые торсионные углы одиночных моносахаридов, омега-торсионные углы для экзоциклических гидрометильных групп, торсионные углы боковой цепи остатков аспарагина, участвующих в гликозилировании, связанном с N , и торсионные углы N -ацетильных групп, присоединенных к углеводные кольца.База данных запрашивается программным обеспечением GlyTorsion .

В большинстве случаев статистическая оценка распределения углов для конкретного структурного элемента является наиболее информативным способом просмотра данных. Таким образом, GlyTorsion выполняет графический вывод результатов путем создания диаграмм или графиков (гистограмм). Из них пользователь может сразу увидеть, какие углы предпочтительны для интересующих остатков. На следующем этапе числовые значения углов вместе с информацией о записях PDB, из которых они происходят, могут отображаться для всех данных, которые использовались для создания диаграммы.Кроме того, могут отображаться подробные данные определенных пользователем диапазонов.

Другая возможность запросить GlyTorsionDB – это карп , график CArbohydrate Ramachandran. «График Рамачандрана», где углы скручивания каркаса белка Φ и Ψ нанесены друг на друга, является часто используемым инструментом для оценки качества трехмерной структуры белка (11). Для углеводных структур перекручивание сцепления может быть оценено аналогичным образом.В отличие от белков, однако, частота населенных торсионных углов зависит от моносахаридных остатков, участвующих в сцеплении, а также от типа сцепления (1–3, 1–4 и т. Д.). carp анализирует данные по углеводам, представленные в файлах PDB, с помощью алгоритма pdb2linucs и сравнивает их с данными, доступными в GlyTorsionDB (рисунок 2a). Для каждой комбинации моносахаридов и типа связи создается отдельный график.

Рисунок 2.

Углеводный график Рамачандрана. Скручивания углеводных связей могут быть проанализированы с помощью подхода, аналогичного графику Рамачандрана, используемому для перекручивания белкового остова. Для углеводов требуется отдельный график для каждой комбинации типа связи и моносахаридных остатков. Наблюдаемые кручения (запись PDB 1b5f) сравниваются с другими кручениями того же типа, обнаруженными в PDB ( a ), или с расчетными графиками энергии ( b ). Для каждого скручивания соответствующие моносахариды выделены в представлении IUPAC углеводной цепи ( c ).

Рисунок 2.

Углеводный график Рамачандрана. Скручивания углеводных связей могут быть проанализированы с помощью подхода, аналогичного графику Рамачандрана, используемому для перекручивания белкового остова. Для углеводов требуется отдельный график для каждой комбинации типа связи и моносахаридных остатков. Наблюдаемые кручения (запись PDB 1b5f) сравниваются с другими кручениями того же типа, обнаруженными в PDB ( a ), или с расчетными графиками энергии ( b ).Для каждого скручивания соответствующие моносахариды выделены в представлении IUPAC углеводной цепи ( c ).

Для редко встречающихся связей в PDB доступно лишь небольшое количество данных. Таким образом, carp предлагает возможность запроса другой базы данных, GlycoMapsDB , доступной на www.dkfz.de/spec/glycomaps/. Эта база данных содержит конформационные карты, полученные из моделирования молекулярной динамики и, следовательно, не зависит от количества записей, найденных для данной связи в PDB (рис. 2b).

Около 70% всех белков содержат сайтов гликозилирования N (Asn-Xxx-Ser / Thr, Xxx не Pro). По причинам, которые до сих пор неясны, не все они на самом деле гликозилированы (12). К сожалению, доступно очень мало экспериментальных данных, в которых однозначно показано, что конкретный сайт гликозилирования занят определенным гликаном. Отсутствие экспериментальных данных затрудняет расшифровку структурных параметров, необходимых для гликозилирования.Следовательно, последовательности гликопротеинов, взятые из PDB и из тщательно отобранных записей SwissProt, были использованы для более глубокого понимания факторов, которые регулируют прикрепление гликанов к сайту гликозилирования N (13, 14). GlySeqDB делает доступными эти данные, которые до недавнего времени приходилось извлекать вручную. GlySeqDB обеспечивает онлайн-доступ к последовательностям гликопротеинов , происходящим из PDB и SwissProt . Программа запроса GlySeq анализирует статистику аминокислот в последовательном соседстве N – и O -сайтов гликозилирования.Помимо результатов в текстовом режиме, GlySeq может отображать графические результаты путем создания диаграмм.

В PDB существует множество избыточных последовательностей. Если, например, белок представляет собой тример, состоящий из трех идентичных цепей, и структура этого белка была определена в четырех различных условиях, то в базе данных имеется 12 идентичных белковых цепей. Таким образом, GlySeqDB также содержит наборы данных, из которых удалена избыточная информация.

Помимо выбора исходного набора данных и типа сайта гликозилирования, GlySeq предлагает использование дополнительных фильтров, например для анализа только тех сайтов гликозилирования N , где остаток в положении +2 представляет собой Ser, а не Thr, или наоборот.

Помимо аминокислот, находящихся в последовательном соседстве с сайтами гликозилирования, те аминокислоты, которые находятся в пространственной близости от углеводных остатков, определяют характеристики гликопротеинов.Последние представляют особый интерес для изучения взаимодействий между углеводами и углеводсвязывающими белками. Поскольку углеводные лиганды не связаны ковалентно, анализ последовательности, сравнимый с анализом сайтов гликозилирования, здесь не применим.

GlyVicinityDB содержит списки расстояний вокруг аминокислот в пространственной близости от углеводных остатков, присутствующих в PDB. База данных запрашивается программным обеспечением GlyVicinity .Эта программа выполняет статистический анализ частоты встречаемости аминокислот в пределах определяемого пользователем расстояния (до 10 Å) углеводных остатков. Как и GlySeq , GlyVicinity также может отображать результаты в виде диаграмм. На следующем этапе также возможно исследование атомов, образующих наиболее тесные контакты между углеводными и аминокислотными остатками. Кроме того, GlyVicinity позволяет пользователю определять подмножества базы данных, выбирая записи PDB, которые необходимо учитывать, например.г. только для исследования белков, связанных с вирусами.

Анализ всех данных по углеводам в PDB показал, что около 30% всех записей PDB, содержащих углеводы, содержат одну или несколько ошибок, большинство из которых связано с несоответствиями в номенклатуре остатков или ошибочными данными соединения (7). Это происходит из-за отсутствия программного обеспечения для проверки структур углеводов, как это существует для белковых частей записей PDB (11). pdb-care (проверка PDB CArbohydrate REsidue) (15) обеспечивает такую ​​проверку путем сравнения имен остатков, полученных с помощью алгоритма pdb2linucs , с именами, присутствующими в проверяемом файле; сообщается о несоответствиях. Кроме того, программа выполняет проверку информации, содержащейся в записях CONECT файлов PDB. Частое использование этого программного обеспечения повысит качество информации об углеводах в PDB.

Обновления

PDB еженедельно обновляется новыми структурами.Процесс обновления баз данных, содержащихся в CSS, в основном автоматический; поэтому сервис всегда представляет фактически доступные данные в PDB.

Реализация

CSS работает на ПК с Linux с программным обеспечением веб-сервера Apache. Взаимодействие с пользователем осуществляется через интерфейсы PHP. Наборы данных хранятся в текстовых файлах в формате XML, а программы для запроса этих данных написаны на C.

Визуализация структур белков и углеводов ( pdb2lincus , GlyVicinity ) или торсионных углов ( GlyTorsion , carp ) выполняется java-апплетом Jmol (http: // jmol.sourceforge.net) или плагин Chime (www.mdlchime.com). Диаграммы и графики создаются в формате масштабируемой векторной графики (SVG). Для браузеров, которые не могут отображать файлы SVG, они преобразуются в файлы формата обмена графикой (GIF) с помощью ImageMagick (http://imagemagick.sourceforge.net).

Служба находится в Немецком центре онкологических исследований в Гейдельберге, Германия. Доступ к нему можно получить в Интернете по адресу (www.dkfz.de/spec/css/). Базы данных и инструменты, из которых состоит CSS, также интегрированы в веб-портал Glycosciences (www.glycosciences.de).

Outlook

В настоящее время загрузка извлеченных данных возможна только с использованием механизмов копирования / вставки. В настоящее время мы работаем над предоставлением форматов XML для всех извлекаемых данных, чтобы был установлен эффективный способ обмена данными. Кроме того, мы предоставим доступ к структурным параметрам остова белка в непосредственной близости от сайтов гликозилирования. С помощью приложения GlyProt (доступного на веб-портале glycosciences ) доступен эффективный инструмент для выполнения in silico гликозилирования заданной трехмерной структуры белка.

Мы благодарим Томаса Гётца за тщательное извлечение связанных с гликозами данных, содержащихся в SwissProt. Разработка инструментов CSS финансируется за счет гранта Немецкого исследовательского совета (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) в рамках программы цифровых библиотек.

ССЫЛКИ

Ярема, К.Дж. и Бертоцци К. (

2001

Genome Biol.

2

Вормальд М.Р., Петреску А.Дж., Пао Ю.Л., Глитеро А., Эллиотт Т. и Двек Р.А. (

2002

Chem. Ред.

102

371

Имберти, А. и Перес, С. (

1995

Protein Eng.

8

699

Лорис, Р. (

2002

Биохим. Биофиз. Acta

1572

198

Хелениус, А. и Эби М. (

2001

Наука

291

2364

Берман Х.М., Вестбрук Дж., Фенг З., Гиллиланд Дж., Бхат Т.Н., Вайссиг Х., Шиндялов И. и Bourne, P.E. (

2000

Nucleic Acids Res.

28

235

Люттеке Т., Франк М. и von der Lieth, C.W. (

2004

Carbohydr. Res.

339

1015

Bohne-Lang, A., Lang, E., Forster, T. и фон дер Лит, C.W. (

2001

Carbohydr. Res.

336

1

Loss, A., Bunsmann, P., Bohne, A., Schwarzer, E., Lang, E. и фон дер Лит, C.W. (

2002

Nucleic Acids Res.

30

405

Смит, Л.Дж., Болин, К.А., Швальбе, Х., Макартур, М.В., Торнтон, Дж.М. и Добсон К. (

1996

J. Mol. Биол.

255

494

Абола, Э. Э., Байроч, А., Баркер, В. К., Бек, С., Бенсон, Д. А., Берман, Х. М., Камерон, Г., Кантор, С., Дубе, С., Хаббард, Дж.П. и др. . (

2000

Биологические исследования

22

1024

Апвейлер Р., Хермякоб Х. и Шарон, Н. (

1999

Биохим. Биофиз. Acta

1473

4

Петреску А.Дж., Милак А.Л., Петреску С.М., Двек Р.А. и Вормальд М. (

2004

Гликобиология

14

103

Бен-Дор С., Эстерман Н., Рубин Э. и Шарон, Н. (

2004

Гликобиология

14

95

Люттеке, Т. и фон дер Лит, C.W. (

2004

BMC Bioinformatics,

5

69

Заметки автора

Центральное спектроскопическое отделение, Немецкий центр исследования рака, INF 280, D-69120 Гейдельберг, Германия и 1 Институт гликомики, Университет Гриффита (кампус Голд-Кост), Квинсленд 9726, Австралия

© 2005, авторы Nucleic Acids Research, Vol.33, выпуск базы данных © Oxford University Press 2005; все права защищены

– (U + 07xx)

– (U + 07xx) – сирийский, таана, дополнительный арабский и N’KO

DBT имеет таблицы перевода, которые обрабатывают и интерпретируют сирийский и танский сценарии, но у него нет переводчика, который использовал бы два других набора символов африканского алфавита: н’ко и дополнительный арабский.

Обратите внимание, что это не проблема для арабского перевода.Поддерживаются необходимые символы арабского алфавита. Они находятся в диапазоне Unicode U + 06xx.

Сирийский алфавит

Переводчик библейских языков поддерживает сирийский сценарий.

Ссылка на внешний сайт Unicode об этих символах.

Дополнительные арабские символы

DBT не поддерживает эти символы.

Ссылка на внешний сайт Unicode об этих символах.

Сценарий Thaana

Переводчик дивехи поддерживает сценарий тана (используется на Мальдивских островах).

Ссылка на внешний сайт Unicode об этих символах.

N’KO Script

DBT не поддерживает скрипт N’KO.

Ссылка на внешний сайт Unicode об этих символах.